普通高校“十三五”新形态教材:《生物信息学与基因组分析入门》


Introduction

Bioinformatics, as I see it, is the application of the tools of computer science (such as programming languages, algorithms, and databases) to address biological problems (for example, inferring the evolutionary relationship between a group of organisms based on fragments of their genomes, or understanding if or how the community of microorganisms that live in my gut changes if I modify my diet).

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教材目录(2021版):


前言

第1章 分子生物学基础(Molecular Biology)(课件PPT

    1.1 生命的基本物质
    1.2 基因表达:生物遗传信息的流动
    1.3 生物序列处理(DNA_sequence.txt

第2章 计算机技能基础(Computer Skills)(课件PDF

    2.1 文本编辑器
    2.2 网络搜索引擎
    2.3 常用生物软件 (BioEdit
    2.4 Windows中使用Linux系统

第3章 生物数据库(Biological Databases)(课件PDF

    3.1 NCBI综合数据库
    3.2 初级数据库与二级数据库
    3.3 NCBI查找胰岛素基因序列

第4章 序列比对(Sequence Alignment)(课件PDF

    4.1 序列比对基础
    4.2 动态规划算法(Dynamic programming)
    4.3 全局比对与局部比对
    4.4 多重序列比对
    4.5 双序列比对实践(flu-HA_aa.fasta
    4.6 BioEdit进行多序列比对、编辑与美化

第5章 序列数据库搜索(BLAST)(课件PDF

第6章 系统发育树(Phylogenetic tree)(课件PDF

    6.1 分子系统发育树的基本概念
    6.2 分子系统发育树的构建方法
    6.3 MEGA构建进化树实训(MEGA-X

第7章 蛋白质结构预测(Protein Structure)(课件PDF

    7.1 蛋白质三维结构的确定方法
    7.2 蛋白质三维结构数据库
    7.3 蛋白质三维结构可视化(PyMOL-v1.3r1-edu
    7.4 蛋白质三维结构的同源建模

第8章 PCR引物设计(Primer Design)(课件PDF

第9章 DNA测序(DNA Sequencing)(课件PDF

第10章 基因组学(Genomics)(课件PDF

    10.1 基因组测序策略
    10.2 基因组组装与注释
    10.3 模式生物基因组
    10.4 微生物基因组比对与可视化

第11章 下一代测序基础(Next Generation Sequencing)(课件PDF

    11.1 测序文库制备
    11.2 Illumina测序原理(下载视频
    11.3 NGS数据的质量控制
    11.4 测序数据质控分析实践(bad_seq.fastq.gz

第12章 全基因组重测序(Whole Genome Resequencing)(课件PDF

第13章 基因组组装(Genome Assembly)(课件PDF

第14章 转录组测序(RNA-Seq)(课件PDF

    14.1 实验设计及测序策略
    14.2 RNA-Seq数据分析流程(图12.3左
    14.3 RNA-Seq数据分析实践

第15章 宏基因组学(Metagenomics)(课件PDF

    15.1 基于NGS的两种宏基因组研究策略
    15.2 实验设计与测序的影响因素
    15.3 扩增子测序数据分析(图14.4图14.5
    15.4 16S rDNA扩增子数据分析实践

附录:

1. Linux操作系统入门(点击阅读

2. R语言编程入门(点击阅读

欢迎推荐本书作为生物信息学与基因组学相关课程的教材!

BIOINFORMATICS & GENOMICS

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